Индонезию называют морским перекрестком индуизма, буддизма и ислама. Почти 90% населения являются мусульманами. Остальные 10% распределяются между христианами и буддистами. Подавляющее большинство мусульман - сунниты шафиитского толка (мазхаба). Ислам распространен в основном среди крупных народов Явы, Мадуры и Суматры. Имеется широкая сеть мусульманских религиозных институтов, развитая система шариатского судопроизводства. При министерстве религии действует Совет уламов.
Несмотря на то, что Ислам является наиболее распространенной религией, он не стал государственной религией в Индонезии. Национальная философия Панчашила предполагает единого Бога и гарантирует свободу исповедовать любую религию.
В центре мусульманской Индонезии находится индуистский остров Бали, где, наоборот, 90% населения исповедует индуизм, а 10% распределяется между мусульманами, буддистами и христианами.
В некоторых районах Явы и Суматры много индуистов, жители острова Бали исповедуют своеобразную смесь индуизма и буддизма. Среди живущих в стране китайцев распространено конфуцианство, а в глухих районах сохранились древние языческие культы.
Особенностью религиозной ситуации является синкретичный характер основных религиозных конфессий, включающих в себя элементы друг друга, а также атрибутику местных традиционных верований.