В Индонезии много авиакомпаний, но чем меньше они, тем ненадежнее. Даже главный национальный перевозчик авиакомпания «Garuda Indonesia» нередко откладывает, отменяет или объединяет свои внутренние рейсы. Второе место на рынке внутренних перевозок занимает авиакомпания «Merpati Nusantara Airlines», которая осуществляет также и международные рейсы. Другими важными перевозчиками Индонезии являются авиакомпании «Bouraq Airlines», «Sempati Air», «Mandala Airlines».
Несмотря на определенную ненадежность - авиационное сообщение по-прежнему остается самым приемлемым способом передвижения внутри Индонезии. Тем более что зачастую авиатранспорт является единственным способом, чтобы добраться из одной части Индонезии в другую. Хотя со времени кризиса 1998-99 годов, когда общее количество рейсов сократилось на 30%, ситуация на внутренних рейсах заметно стабилизировалась, настоятельно рекомендовано туристам приезжать на регистрацию в числе первых и быть заранее готовыми к неприятным сюрпризам.
Последним важным замечанием является обязательная уплата аэропортовых сборов на месте в каждом аэропорту Индонезии в местной валюте и величина их колеблется от 5 до 20 долларов США.